La existencia de una Hermandad en torno a la Imagen de N.ª S.ª de Roca-Amador al menos desde el siglo XVI está fuera de toda duda. La primera constancia que existe se encuentra en las reglas de la Hermandad Sacramental de San Lorenzo de 1558. En el capítulo en el undécimo de estos estatutos se indica cómo había de celebrarse en marzo la festividad de la Encarnación, efectuándose de la manera acostumbrada «por tornar a recuperar la cofradía de nra. señora de rocamador que los tiempos passados solía hauer cuya ymagen está en dicha yglesia y esto por la mucha deuoçión que todos los hermanos tenemos a con la dicha señora por más la seruir y honrar porque ella siempre sea en nuestro fauor y ayuda». Aquí queda claro que existía una corporación constituida en torno al Icono mariano de Santa María de Roca-Amador antes de esta fecha.

Al año siguiente, en 1559, vuelve a aparecer una nueva referencia que confirma que la Hermandad de N.ª S.ª de Roca-Amador existía ya en el siglo XVI. La primera hoja del libro que reza como de «Protocolo y razón de los bienes y rentas, tributos y posesiones…» de la Hermandad Sacramental de San Lorenzo, finaliza con que también lo es de la «Cofradía de Nra. S.ra de Roque Amador que está agregada y consolidada con la del S.mo S. Sacramento desta dicha parroquia desde el Año del Señor de 1559».

Tras un periodo de inactividad la Hermandad de Nuestra Señora de Roca-Amador fue rehabilitada a finales del siglo XVII, elaborando nuevas reglas que fueron aprobadas el 12 de junio de 1691 por José Vayas por mandato del Provisor, siendo notario mayor eclesiástico Andrés de Carrión Narváez.

En el siglo XVIII la Hermandad se estabilizó perteneciendo entonces a ella miembros de la clerecía de la parroquia, algunos apellidos aristocráticos y también artistas afamados como Francisco Pérez de Pineda, autor de la decoración de la capilla del Sagrario de San Lorenzo, y Domingo Martínez, autor del óleo de uno de los dos estandartes de la Virgen de Roca-Amador que se conservan.

Hacia 1751, tras diversos avatares, la hermandad realizó la obra del retablo barroco que enmarca la pintura mural que significó la más emprendedora empresa de la época. Muy poco después, en concreto el 1 de noviembre de 1755, sufrió los efectos del terremoto de Lisboa, ya que la capilla se encuentra debajo de la torre de la iglesia de San Lorenzo, cuya masa debió originar la grieta que aún hoy se puede ver. El impacto entre los hermanos debió ser muy grande pues en el Cabildo de la Cofradía Sacramental celebrado el 25 de enero de 1756 asistió José Gómez de Espinosa, mayordomo de la Hermandad de N.ª S.ª de Roca-Amador, que propuso una misa de acción de gracias con sermón y presencia del Santísimo por las naves de la Iglesia de San Lorenzo «por hauer librado nro. S.or a… templo y capilla de los fatales… en el terrible temblor de tierra…el día prim.º de nou.e de 1755».

Las peticiones de la Hermandad mariana a la Sacramental fueron muy comunes desde finales del siglo XVIII, participando esta en los cultos los días del jubileo que entonces, como ahora, se celebraban en la festividad de la Candelaria los primeros días de febrero, hasta el punto, que en el momento de mayor decaimiento de la Hermandad de Roca-Amador, en 1842, debieron ser costeados por la del Santísimo.

En el Cabildo general de la Cofradía del Santísimo celebrado el 24 de agosto de 1824 ya se había informado de la pretensión de la Congregación de Santa María de Roca-Amador de incorporarse a esta Hermandad, debido a que los hermanos de una eran de la otra. No obstante la fusión no fue inmediata ya que 1842 volvió a solicitarse tal posibilidad, creándose una comisión que redactase una serie de normas e hiciese inventario de bienes. El año siguiente, se dio noticia que aún no estaban concretados los detalles, entre los que destaca la pretensión que no se pudieran enajenar las lámparas de plata de la Virgen. Finalmente la integración de la Hermandad de Gloria de N.ª S.ª de Roca-Amador en la del Santísimo se produjo el 4 de noviembre de 1844, recibiendo esta los libros y alhajas de aquella, para lo cual se presentó inventario detallado, destacando además de la pintura mural de N.ª S.ª, dos rejas de la Capilla, un lamparero de hierro, un manifestador, un Niño Jesús, las imágenes de talla de San Joaquín y Santa Ana, una lámpara de plata de 412 onzas de peso y dos simpecados con sus dos estantes.